熔融石英色譜柱的聚酰亞胺涂層如有少許破裂它就會斷裂。聚酰亞胺涂層可保護易碎的熔融石英管線。柱溫箱持續的加熱或冷卻、柱溫箱風扇的震動以及把色譜柱繞在圓形柱架上均會對管線造成壓力。zui后在薄弱處發生斷裂。通過輕劃或磨損聚酰亞胺涂層會造成出現薄弱處。通常鋒利的尖或邊劃管線時會造成劃痕。色譜柱掛鉤和標簽、GC 柱溫箱的金屬邊、色譜柱切割器以及實驗室實驗臺上的各種物品都帶有鋒利的尖或邊。色譜柱自身斷裂的情況很少。色譜柱制造業試圖找出所有有缺陷的管線并避免在已制好的色譜柱中使用這些管線。直徑較大的色譜柱更容易斷裂。也就是說在處理.45-0.53 mm 內徑的管線時要比處理0.18-0.32 mm 內徑的管線更加謹慎以防斷裂。已斷裂的色譜柱并非不能用。如果已斷裂的色譜柱保持在高溫下連續運行或運行多個溫度程序，則將十分容易損壞。已斷裂的液相色譜儀色譜柱的后半段暴露在高溫的氧中會迅速損壞固定相。而色譜柱的前半段因有載氣通過仍會保持完好。如果已斷裂的色譜柱未經加熱而是僅在高溫或含氧的環境下暴露很短時間，則后半段將不會受到任何嚴重損壞。可以通過安裝接頭來接上已斷裂的色譜柱。任何合適的接頭都可重新連接色譜柱。一支色譜柱上不能裝入超過2-3 個接頭。多個接頭會造成死體積（拖尾峰）問題。
